(Rector entre 1955 y 1958)
El Padre Sergio fue un religioso Siervo de María dotado de una gran inteligencia y de una muy buena disponibilidad para servir. Es así que cuando se fundó el Liceo, el Comité que se formó para este fin lo buscó a él para que asumiera la rectoría.
Valoramos en él su entusiasmo, creatividad y perseverancia para enfrentar las múltiples dificultades en la primera etapa del liceo. Quizás el más grave que tuvo que resolver, en ese entonces, fue el problema del financiamiento pues el aporte del Estado era insuficiente y atrasado.
En 1959 el Padre Sergio dejó, definitivamente, la región para ir a Bolivia donde permaneció hasta su muerte acaecida el 12 de Enero de 1998.
(Rector entre 1959 y 1965)
El Padre Alfonso Massignani fue enviado, inicialmente, a México y de allí se vino a nuestro país el año 1957 en calidad de Superior Regular de los Siervos de María de Aysén. Era un sacerdote cordial, inquieto y con una gran capacidad para emprender nuevos proyectos. 
Fue Vicario Pastoral de Aysén, creador del diario El Farellón y Presidente del Círculo de Periodistas de Aysén.
El 21 de Noviembre de 1958 asume como Rector del, en ese entonces, Liceo Particular de Coyhaique. Durante su gestión empezó a normalizarse la situación económica del Liceo, no sin considerables aportes de los Siervos de María y de la Santa Sede.
En 1981, fue trasladado por la Orden a la ciudad de Oruro, en Bolivia, donde falleció el 20 de Noviembre de 2000.
(Rector entre 1965 y 1973)
El Padre Herminio llega a Chile en 1954 y en sus primeros años en nuestro país se desempeña como formador de seminaristas en las localidades de Chaitén y Peñaflor. En 1960 se traslada a Coyhaique y comienza a asumir roles directivos en nuestro liceo, donde manifiesta una preocupación especial por crear un espacio acogedor y dinámico para los jóvenes que asistían al establecimiento.
Ya en esa época habían aumentado notablemente. Fue en este período cuando se crea el himno del liceo y se inicia la construcción del nuevo establecimiento que ya se ubicaba frente a la plaza. El P. Herminio Manea trabajó los últimos años de su vida en Santiago, destacando por su aporte a la formación de nuevos sacerdotes osm y por su compromiso pastoral en la Parroquia Sta. Teresita. Falleció el 28 de agosto de 2017 a la edad de 89 años en Monte Berico, Italia.
(Rector entre 1974-1976 y 1987-1994)
El Padre Victorino llega a Aysén en 1954. En varios períodos fue nombrado Superior de los Siervos de María en Aysén ejerciendo su misión no solo en nuestra región sino también en Bolivia. Este apreciado sacerdote cumplió una primera etapa como rector donde se destacó, especialmente, por su serenidad, su sabiduría, su cariño por la región y sus costumbres y una capacidad oratoria sobresaliente.
Debido al fallecimiento del Padre José Fogliatto en el año 1987, debió asumir nuevamente la conducción del liceo donde supo delegar responsabilidades y confianza en los educadores laicos. Actualmente, el Padre Victorino continúa desarrollando su misión pastoral en la Parroquia Santa Bernardita, en la ciudad de Santiago.
(Rector entre 1977 y 1987)
El P. José fue ordenado sacerdote en 1964 y al año siguiente es trasladado a Chile. En 1974 es nombrado Vicerrector del LSFB y, posteriormente, en 1977 asume como Rector, donde desarrolla una fructífera labor mientras estuvo en la Dirección hasta el momento de su repentino fallecimiento.
En nuestra comunidad educativa, es recordado por su gran compromiso y capacidad para emprender acciones en beneficio del desarrollo del liceo, ejemplo de ello es la construcción del tercer piso, del nuevo gimnasio techado y la preocupación por generar un nuevo proyecto educativo. Asimismo, en su permanente preocupación por generar espacios de sana recreación juvenil propició los campeonatos deportivos y el Festival “En busca del Éxito”. En los últimos años de su vida, emprende la tarea de formar un nuevo liceo para la comuna: el Liceo Técnico Profesional Juan Pablo II.
Falleció el 22 de julio de 1987.
(Rector entre 1995-2012)
Fue el primer rector laico a cargo de la dirección del colegio, profesor de filosofía del Instituto Pedagógico de la Universidad de Chile, casado y padre de tres hijos.
Se caracteriza por su alta capacidad de liderazgo, creatividad, y su excelente gestión administrativa. Fue capaz de consolidar un Liceo moderno, dinámico, acorde con el nuevo siglo. Logrando conjugar logros a nivel académico y de formación integral.
Bajo su dirección el Liceo se amplió estructuralmente, modernizándose con nuevas tecnologías en el ámbito computacional, se fortaleció en nuevas metodología y estrategias pedagógicas. Reformó y consolidó el Proyecto Educativo presentándose con mayor claridad una identidad de Colegio Católico y Mariano, desarrollando valores de servicio, humildad y solidaridad.
En la actualidad, desempeña el cargo de Representante Legal.
(Rector desde el año 2012)
Nuestro actual Rector asumió este cargo directivo el año 2012 en reemplazo de Don Sergio Reyes Pozo, primer Rector laico del LSFB. Su trayectoria docente en el Liceo se inicia en el año 1979 cuando asume como Profesor de Francés recién llegado de Santiago.
Posteriormente, ya en el año 1988, el Prof. Poblete es designado como Orientador por el P. Victorino Bertocco y en el año 1995 como Vicerrector por Don Sergio Reyes Pozo. Ambas funciones las desarrolla hasta el año 2011 cuando es nombrado como Rector.
En su dilatada trayectoria destaca especialmente su trabajo con jóvenes, particularmente en el ámbito de la orientación vocacional. Resalta en particular su labor en el Movimiento Scout, siendo el fundador del grupo scout del Liceo, entidad que ha sido relevante en la formación valórica de nuestros jóvenes liceanos.